在发展历程中，学校先后隶属于中国科学院、国防科委、五机部等多个部门，历经多次管理体制变革 。1999 年，划转为以吉林省管理为主，并与国防科工委共建 ；2002 年，正式更名为长春理工大学 。此后，学校发展步入快车道，2004 年被确定为省属重点大学 ；2009 年代建代管中国唯一的国家级光学科技馆 —— 长春中国光学科学技术馆 ；2010 年成为上海合作组织大学项目院校 ；2012 年入选 “中西部高校基础能力建设工程” 院校 ；2017 年入选首批教育部、国家外专局 “高等学校学科创新引智计划” ；2020 年入选 “吉林省特色高水平应用研究型大学” 建设项目 A 类 。如今，长春理工大学作为吉林省省属重点大学，是吉林省、国家国防科技工业局、长春市共建院校 ，被誉为 “中国光学英才摇篮”，在光学领域的人才培养与科学研究方面，于国内高校中占据重要地位，是吉林省高等教育的一张亮丽名片。
