一、教育部工程教育专业认证专业
1.机械设计制造及其自动化
2.电气工程及其自动化
3.材料成型及控制工程
二、教育部一流本科专业建设“双万计划”
1.机械设计制造及其自动化（国家级）
2.电气工程及其自动化（国家级）
3.产品设计（国家级）
4.机械电子工程（国家级）
5.材料科学与工程（国家级）
6.能源与动力工程（国家级）
7.电子信息工程（国家级）
8.市场营销（国家级）
9.材料成型及控制工程（江苏省）
10.自动化（江苏省）
11.软件工程（江苏省）
12.通信工程（江苏省）
13.智能电网信息工程（江苏省）
三、国家级特色专业
1.自动化
2.热能与动力工程
3.电气工程及其自动化
南京工程学院2021年各专业在江苏省投档分数线及位次如下图。如图可以看出2021年南京工程学院在历史类中录取分数最高的专业是会计学专业536—558分；物理类中录取分数最高的专业是电气类5个专业，其中电气工程及其自动化（电力系统及其自动化）录取最高分竟然达到了591分，位次11639名，对于这个分数的考生报考南京工程学院电气类专业是否真正有性价比，有待考证。这个分数排名的考生可以选择211高校的优势专业及热门专业。虽然南京工程院电气类专业的毕业生对进国网江苏公司有一定的优势，但是业不能盲目追求。家长和考生盲目追求的结果就是学校的录取分数水涨船高，虽然投档进入了专业组，但是不一定能踩到想学的专业，所以在志愿填报的时候一定要慎重考虑。
历经百年，学校始终坚持以应用型人才培养为中心的办学定位，形成了“密切校企合作，注重工程实践，培养应用人才”的鲜明特色，在机械、电力、能源动力与核工业等行业领域具有很高的影响力。合并组建以来，学校牢固树立“学以致用”的办学理念，发扬“知行统一，创业创新”的校园精神，在全国率先提出“培养应用型人才”，开展“应用型本科教育”，应用型办学的美誉度和影响力持续提升。