中医临床医学院前身中医系，2008更名为中医临床医学院，是我校建校之初设立的主干院系，拥有传统优势专业——中医学专业，是西北地区乃至全国中医临床类人才培养的重要基地。中医学专业2002年被授予“陕西省普通高等学校名牌专业”，2007年被确定为陕西省高等学校特色专业建设点，2009年被国家教育部、财政部确定为全国高等学校“特色专业”。2007年经陕西省教育厅批准在我校中医学专业建立“中医临床人才培养模式创新实验区”，目前实验区已连续组建五届中医实验班，取得了显著的成效。该专业2009年完成陕西省教育厅“中医学创新人才培养模式的改革与探索”课题，并获得我校09年度教学成果一等奖。中医临床人才培养模式创新实验区前期改革成果“院校教育与师承教育相结合的中医临床人才培养模式的构建与实践”荣获2011年度陕西省高等教育教学成果一等奖。
该院现有在编教师61人，其中教授、主任医师20名，副教授、副主任医师24名。教师中具有博士学位者18名，具有硕士学位者31名，在职攻读博士学位者2名，硕士以上学位人员比例达到80.3%。专业所属学科中有“国医大师”1人，兼职博士生导师6人，享受政府特殊津贴专家5人，全国名老中医药专家学术经验继承项目指导老师5人，陕西省名老中医药专家学术经验继承项目指导老师6人，陕西省教学名师2人，陕西省名老中医、名中医6人。其中担任全国专业学会委员、 理事、主任、副主任11人，陕西省中医学会主任、副主任委员、理事10人。
中医学专业主干课程《中医基础理论》、《方剂学》、《中医内科学》、《中医诊断学》、《中药学》、《伤寒论》先后被批准为陕西省普通高校精品课程，《温病学》为校内精品课程。中医基础理论教学团队、中医内科学科教学团队、中药学教学团队、中医骨伤学科教学团队先后被批准为陕西省优秀教学团队，中医骨伤实验中心被批准为陕西省实验示范教学中心。中医妇科实训中心、中医骨伤科实验中心、中医临床基础经方研究实验室是中央与地方共建的重点实验教学中心。中医内科脑病学科、脾胃病学科、中医妇科学是国家中医药管理局重点建设学科，中医骨伤科是卫生部首批批准建设的重点专科。中医骨伤学科、中医临床基础(伤寒论)为陕西省重点建设学科。中医内科学、温病学是校内重点建设学科。