机械电气化工程学院有1个农业工程一级硕士学位授权点，1个农业专业硕士学位授权点，1个机械硕士学位授权点。开设11个本科专业，其中一流本科专业建设点2个。现有校外实习基地22个，中国卫星导航第二批北斗科普基地（2022），国家级阿克苏绿肥科技小院（2022）等。近三年，主持承担各类科研项目198项。

水利与建筑工程学院现有本科专业10个，硕士学位授权点2个（农业水土工程、土木水利）。有一级实验室3个，二级实验室11个。实践教学场地近13000平方米，设备价值3500余万元。近年来，学院共承担各级各类科研项目203项，科研经费总计4126万元。学生参加全国大学生减能减排社会实践与科技竞赛等各级各类科创竞赛共获得国家级奖40余项，省部级奖近50项。


动物科学与技术学院有动物医学、动物科学和草业科学3个本科专业。1个一级硕士学位授权点，1个专业学位授权点。获批动物医学国家级一流本科和动物科学省级一流本科专业。现有1个国家级实验教学示范中心，1个部省共建重点实验室。近五年，学院累计立项各级各类科研项目248项，经费5447万元。获得授权发明专利32项，制定地方标准3项。


农学院有一级学科硕士学位授权点1个（作物学），二级学科硕士学位授权点2个（作物栽培学与耕作学、作物遗传育种），2个专业硕士领域（农艺与种业、资源利用与植物保护）。开设农学、植物保护、农业资源与环境、种子科学与工程、农药与化肥5个本科专业。农学专业为国家特色专业建设点、国家一流本科专业建设点，植物保护专业为省一流本科专业建设点。学院与中国农业科学院合作共建全国首个棉花科学学院，开设“棉花实验班”，开设三五九创新实验班。


化学化工学院现有应用化学、化学工程与工艺、化学工程与工业生物工程、材料科学与工程、化学等5个本科专业，拥有“化学工程与技术”和“材料与化工”2个硕士授权点。拥有化学实验教学示范中心1个、教育部仿真教学实验室和虚拟教研室各1个，参与教育部虚拟教研室项目2项。与北京化工大学等五所对口支援高校联合办学，选送优秀本科生以“2+1+1”或“1+2+1”的模式与对口支援高校联合培养。


经济与管理学院是南疆区域最早培养经济、管理专业人才的学院。现有农林经济管理一级学科学术硕士学位授权点；农业硕士（农业管理和农村发展）、旅游管理、会计学3个专业硕士学位授权点。开设10个本科专业，创建农林经济管理拔尖人才实验班。每年选派数十名本科生赴浙江大学、中国农业大学、华中农业大学、中国海洋大学等高校学习交流。