动植物基因组denovo测序基因Pacbio 单分子实时测序技术，对动植物基因组进行Pacbio 测序及拼接组装（纯三代组装），较好解决了传统测序组装技术难以解决的高杂合度、高度重复区域、异常GC含量区域等诸多组装难题，极大提升大基因组的组装指标，重新定义Contig N50、Scaffold N50指标——采用纯三代组装的基因组组装指标，是过去二代测序策略的10-20倍。  

工具/原料

  • 样本抽提DNA/RNA试剂盒
  • 建库试剂盒
  • 三代测序仪：Pacbio RSⅡ 或 Pacbio Sequel
  • 组装分析软件：Falcon

方法/步骤

  1. 1

    一、技术路线

  2. 2

    二、生物信息分析

     1. 原始数据质量评估

           2. 基因组组装

           3. 基因组注释

           4. 进化分析

           5. 重测序或转录组联合分析

  3. 3

      三、结果展示

           1.软件使用

        FALCON

         HGAP（Hierachical Genome Assmebly Process）

          

           2. 版图展示

           图1.1所示，全基因组拼装后预测重复序列；

    END

注意事项

  • 样品要求： DNA总量〉10 µg；浓度〉20 ng/µL；260/280为1.8~2.2
经验内容仅供参考，如果您需解决具体问题(尤其法律、医学等领域)，建议您详细咨询相关领域专业人士。